Для рассмотрения основных вопросов деятельности Военного училища действует выборный представительный коллегиальный орган управления - Ученый совет Военного училища под председательством начальника Военного училища.
В состав Ученого совета Военного училища входят члены Ученого совета, избираемые из числа руководящего состава, научно-педагогических работников и представителей других категорий постоянного состава, и члены Ученого совета, входящие в его состав по должности: начальник Военного училища, его заместители, начальники учебно-методического отдела и отдела организации научной работы (организации научной работы и редакционно-издательской деятельности), начальники службы защиты государственной тайны, финансово-экономической службы, юридической службы, а также начальники факультетов и кафедр. Другие члены Ученого совета Военного училища избираются на Конференции путем голосования делегатов структурных подразделений Военного училища и представителей переменного состава Военного училища. Представители структурных подразделений Военного училища считаются избранными в состав Ученого совета Военного училища или отозванными из него, если за них проголосовало более 50 процентов делегатов, присутствующих на Конференции (при наличии не менее двух третей списочного состава делегатов).
Состав Ученого совета Военного училища по результатам выборов объявляется приказом начальника Военного училища. Ученый совет Военного училища из числа его членов на своем первом заседании избирает двух заместителей председателя Ученого совета Военного училища и ученого секретаря Ученого совета Военного училища.
Срок полномочий Ученого совета Военного училища составляет 5 лет.
На конференции руководящего состава, научно-педагогических работников и представителей других категорий постоянного и переменного состава Новосибирского высшего военного командного училища протоколом №2 от 31 июля 2015 г. принято Положение о выборах в ученый совет Новосибирского высшего военного командного училища и определено количество членов ученого совета Новосибирского высшего военного командного училища. Утверждены нормы представительств от основных структурных подразделений в состав Ученого совета.
По состоянию на 2019 г. в составе ученого совета училища числится 33 человека.